一、沒有科學的配色方案
數碼印花是通過電腦控制輸出色彩的，而電腦顯示屏上所反映的色彩與噴印的色彩模式是不一樣的（顯示屏色彩是RGB模式，而噴印色彩是CMYK模式），這就需要一個調色過程。而現在的調色主要是憑人工經驗進行，沒有科學的配色方案。

二、上漿工藝滯后
碼印花在噴印前，所有的織物都要先上漿，來防止墨水的滲化。這涉及到兩個大難題：一是用什么助劑上漿，二是用什么設備上漿。如果上漿時出現“緯斜”、“皺印”、“不均勻”、“不平挺”，噴印時就會產生“滲開”、“逃布”、“色不勻”等問題，次品率非常高。

三、正反面色差大
數碼印花是按需給墨，消耗的墨水量相對較少，在水洗時可以節水節能。但是正因為如此，墨水只能停留在織物表面。這樣就產生了兩個問題，一是正反面色差嚴重，類似圍巾或要做滲透印花的，就無法達到要求；二是由于正反面色差嚴重，比較疏松的織物，只要經過摩擦或縫紉時，就會產生反面沒有顏色的絲（或紗）翻到正面來，俗稱“反絲”。這樣的結果，大大地影響了織物的外觀，無法被消費者接受。